Az immár magyar nyelven is letölthető Thunderbird 3 fejlesztése több mint két éven át tartott. A munkát hátráltatta, hogy a Mozilla Alapítvány külön erre a célra megalapította a Mozilla Messaging vállalatot. Eredetileg a szervezet a program fejlesztését teljesen külső szakemberekre akarta bízni, de később meggondolta magát.
A Thunderbird 3 legnagyobb újdonsága a kezelőfelülete, amely teljesen elüt a korábbi verziók kezelőfelületétől, például új ikonokat kapott és lehetővé teszi több tab egyidejű megnyitását is. Ezenkívül a program egy új és a korábbiaknál jobb beépített keresőt kapott, könnyebben hozhatók létre új elektronikus postafiókok, valamint kiegészítették egy integrált archiváló rendszerrel, amellyel a leveleinket már szinte bárhová lementhetjük és az úgynevezett Smart Folderekkel, amelyek a beérkező elektronikus levelek automatikus csoportosításában segítenek a felhasználóknak.
Szintén fontos változás, hogy a Google Mail hozzáféréseket a korábbiaknál könnyebben lehet integrálni az alkalmazásba, valamint a fejlesztők átdolgozták a címjegyzéket és egy új kiegészítőmenedzsert is integráltak a szoftverbe. A Thunderbird 3 a Gecko 1.9.1-es motorra épül. A Mozilla tájékoztatása szerint összesen kereken 2000 kisebb és nagyobb javítást végeztek el.
Változás ugyanakkor a korábbi évekhez képest, hogy az új Thunderbird már nem támogatja a Windows 2000 előtti operációs rendszereket, míg a Macintoshok esetében az alkalmazás nem kompatibilis a Mac OS X 10.4 (Tigris) előtti kiadásokkal. A fejlesztők azt tanácsolták, hogy mindenki igyekezzen meggyőződni arról, hogy az új programverzió támogatja-e az általa használt kiegészítőket. Ugyan a szoftver a telepítésekor automatikusan megvizsgálja és a nem kompatibilis modulokat azonnal kikapcsolja, de jobb elkerülni a kényelmetlenségeket.
Szintén az átállást könnyíti meg az a varázsló, amely az első indítást követően elmagyarázza a felhasználónak a fontosabb változásokat és lehetőséget arra akár az új funkciók kikapcsolására is.
